由于不平衡質量是以主軸的轉速二次方影響主軸動態性能的，所以主軸的轉速越高，主軸不平衡量引起的動態問題越嚴重。對于電主軸來說，由于電機轉子直接過盈固定在主軸上，增加了主軸的轉動質量，使主軸的極限頻率下降，因此超高速電主軸的動平衡精度應嚴格要求，一般應達到G1～G0.4級(G＝ew，e為質量中心與回轉中心之間的位移，即偏心量；w為角速度)。對于這種等級的動平衡要求，采用常規的方法僅在裝配前對主軸的每個零件分別進行動平衡是不夠的，還需在裝配后進行整體精確動平衡，甚至還要設計專門的自動平衡系統來實現主軸在線動平衡，以確保主軸高速平穩運行。 

     主軸動平衡常用方法有兩種：去重法和增重法。送風機NSK軸承箱密封的改進小型主軸和普通電機常采用去重法。該法是在電機的轉子兩端設計有去重盤，當電機轉子和其他零件安裝到主軸上以后進行整體動平衡時，根據要求由自動平衡機在轉子的去重盤處切去不平衡量。增重法是近年來某些主軸電機制造商為適應高速主軸發展的需要，在開發出商品化的無框架主軸電機(Frameless spindle motor)上常采用的方法。電機轉子的兩端設計有平衡盤，平衡盤的圓周方向設計有均勻分布的螺紋孔，轉子安裝到主軸上以后進行主軸組件整體動平衡時，不是在平衡盤上去重，而是在螺紋孔內擰入螺釘，以螺釘的擰入深度和周向位置來平衡主軸組件的偏心量。